Criada pelo príncipe regente D. João, por Carta Régia, assinada em 5 de novembro de 1808, com o nome de Escola de Anatomia, Medicina e Cirurgia e instalada no Hospital Militar do Morro do Castelo. Em 1º de abril de 1813 foi fundada a Academia Médico-Cirúrgica no Rio de Janeiro. Em 3 de outubro de 1832 foi sancionada a Lei que transformava as Academias Médico-Cirúrgicas do Rio de Janeiro e Salvador em Escolas ou Faculdades de Medicina. A Faculdade de Medicina funcionou como escola isolada até 7 de setembro de 1920, quando foi criada, por Decreto, a Universidade do Rio de Janeiro. Em 1937, com a criação da Universidade do Brasil, passa a se chamar Faculdade Nacional de Medicina.